 Santa María de Puerto es la construcción más emblemática y antigua de Santoña. La leyenda hace remontar su origen tanto a la mítica campaña evangelizadora de Santiago El Mayor en la península, como a la voluntad de los también legendarios Reyes Godos. Se trata de un edificio de compleja estructura de tres naves de cuatro tramos un amplio crucero y capilla mayor rectangular. La obra conserva partes románicas, entre las cuales se cuentan los pilares inmediatos del crucero y la portada sur. En el siglo XIII se elevaron las naves góticas de dos pisos sin triforio y escasa altura cubiertas con bóvedas de crucería simple. Es de interés el despliegue iconográfico de los capiteles que presentan estos soportes medievales. Hacia 1530 se procedió a ampliar el templo por la cabecera construyéndose nuevas bóvedas de tipo centroeuropeo, profusamente decoradas con relieves y adornos, que siguen lineas similares a algunas de las obras de Juan Gil de Hontañón. Más sencillas son las cubiertas de los tramos que las flanquean. En el siglo XVII se abrieron varias capillas en las naves de la iglesia. Tres de ellas tienen cubiertas clasicistas: Nuestra Señora de la Concepción –desde el siglo XVIII de Jesús Nazareno y la Soledad– obra de Francisco y Toribio de Cueto y Antonio de la Bárcena edificada entre 1663 y 1665; Nuestra Señora del Rosario, mandada edificar en 1664; y Nuestra Señora de las Angustias del maestro Pedro del Pontón. Otras tres están cubiertas por bóvedas de crucería; se trata de las capillas de Santiago, de Camino-Pelegrín y de la familia Maeda, relacionada con el estilo de Pedro de la Torre Bueras. La portalada fue construida entre 1660 y 1661, en el exterior del templo; es obra del maestro Francisco del Cueto. En 1975-1976 se derribó la torre y se alzó la espadaña a los pies.
 Santa María de Puerto custodia un importante patrimonio mueble, del cual sobresale por su antigüedad una pila bautismal tardorománica. En el tramo del Evangelio del crucero está alojado el retablo de San Bartolomé, fechado en 1561 y considerado uno de los más destacados de la comunidad autónoma. Se compone de una serie de tablas que representan a los santos Jerónimo, Sebastián, Ana, Santiago, Catalina y María Magdalena atribuidas al pintor flamenco Pieter Claeissens I, pintor flamenco activo en Amberes. Su decoración escultórica y la arquitectura son semejantes a los trabajos salidos de los talleres palentinos. En el lado de la epístola se encuentra el retablo romanista de San Pedro, atribuido a García de Arredondo. Otro retablo de interés es el de Nuestra Señora de las Angustias de estilo romanista, ejecutado por un autor conocedor de la obra salida de los talleres de escultura de Palencia en el segundo tercio del XVI. Por último, el retablo mayor es una obra neogótica de 1886 del arquitecto Alfredo de la Escalera; aloja una serie de relieves romanistas. Por último, es de destacar es la Virgen con el niño y san José, custodiada en la sacristía, que sigue modelos popularizados por Pieter Coecke van Aelst. La iglesia de Santa María de Puerto fue declarado Bien de Interés Cultural en 1931.
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