En el Monte Buciero se encuentran importantes yacimientos arqueológicos que testimonian la presencia humana en la Prehistoria. El más emblemático es el Abrigo de la Peña del Perro, descubierto en 1984 y declarado BIC en 1998, que custodia niveles del Magdaleniense Superior/final, un conchero Aziliense y otro Mesolítico post-Aziliense, en el mismo refugio hay un panel con grabados fusiformes atribuidos al Paleolítico. Cerca de éste abrigo se hallan otros dos que también albergan materiales, así como la Cueva de La Fragua, en la que aparecieron abundantes restos de un conchero, bajo un depósito superficial removido, con restos modernos y fuegos de pastores. Otros yacimientos de la zona son la cueva de Santa María del Puerto, con restos de un conchero postpaleolítico; la cueva de los Cuartos I, con restos del Eneolítico; la de los Cuartos II; la cueva del Fortín, sobre un acantilado, con materiales contemporáneos al Abrigo de la Peña del Perro y un panel de líneas fusiformes; la cueva de la Peña de la Horca del Fraile, con restos considerados eneolíticos; las cuevas de la Yedra II y III; y el yacimiento de La Leñera. Otros emplazamientos que han proporcionado materiales de interés son el abrigo y covacho de la Higuera, el abrigo de Traslaencrucijada y el yacimiento de La Leñera.
En cuanto a la arqueología en época histórica, en excavaciones realizadas junto a la iglesia de Santa María del Puerto se localizaron materiales que prueban la existencia de un asentamiento de época romana, entre los siglos I y IV. Se encontraron monedas, cerámica común, anzuelos, fragmentos de terra sigillata, teselas de mosaico y fragmentos de estuco pintado. En el mismo paraje se localizaron evidencias de una necrópolis medieval.
El Museo Marítimo del Cantábrico, actuando a través del Laboratorio para Investigaciones Subacuáticas, ha realizado la llamada Carta Arqueológica subacuática de Cantabria. En Santoña, esto condujo a la localización, a finales de la década de los ochenta de seis pecios, dos de ellos en la playa de Berria. A mediados de los noventa fueron dieciséis, los restos de embarcaciones hundidas identificados entre la playa de Berria y el puntal de La Salvé (Laredo). Uno se considera del siglo XVI, otro de principios del XVII, un tercero de finales del XVII o comienzos del XVIII, cinco del XVIII y ocho del siglo XIX. En años siguientes y gracias a numerosa información documental reunida se procedió a examinar varios sectores de la bahía. En una de estas campañas se localizaron, frente a la plaza de toros, importantes restos de madera, dos cañones (evidencia de la introducción de la artillería pesada de hierro colado de un prototipo salido de las fábricas de Liérganes y La Cavada), balas de cañón y arcabuz... que permitieron identificarlos con el galeón La Concepción de Nuestra Señora, buque almiranta de la Escuadra de Galicia, parte de la Armada del Mar Océano del Reino de España, quemado por sus tripulantes a fin de evitar que cayera en manos de la Armada Francesa, durante el asalto que se produjo en el verano de 1639.
También han sido objeto de investigación arqueológica el complejo de infraestructuras defensivas emplazadas en Santoña, dentro de un amplio proyecto que pretende documentar tanto las edificaciones de origen militar como otras civiles (faros, molinos de marea, astilleros...). Entre los elementos examinados se cuenta la batería de San Felipe, construida a mediados del siglo XVIII al norte de la Peña del Fraile, cuyo examen sirvió para documentar los métodos de construcción de las fortificaciones de la época. También han sido examinadas las baterías del Águila y La Cueva.
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