Santoña es el primer productor de Cantabria en conservas y productos de salazón (también están cobrando importancia las semiconservas). Estos establecimientos suelen emplear en su mayor parte mano de obra femenina, comercializan generalmente media docena o más de marcas y utilizan materia prima procedente del mismo puerto de Santoña y, en menor medida, de otros lugares de Europa y América.

Con el fin de hacer frente a la demanda de los empresarios del sector, el Gobierno de Cantabria y el Ayuntamiento de Santoña constituyeron la sociedad gestora Suelo Industrial de Santoña (SUINSA), que se encargó de la ejecución del polígono industrial Las Marismas, de 122.036 m2. El área presenta una ocupación completa y sobre él se han instalado 16 grandes empresas conserveras y más de medio centenar de pymes, estando prevista su amplición. Entre las dedicadas a la elaboración de conservas de pescado se cuentan Albo, Bella Berria, Blanco Abascal, Bram Stuard, Consorcio Español Conservero, Don Bocarte, Don Juan, El Capricho, Emilia, Hoya, La Imperial, Pali, Pelazza, Reimex, Sainz Rozas, Sierra Ruiz e Hijos, Silvia o Conservas Solano.

También dentro del sector secundario es de reseñar el papel de la construcción como fuente de empleo para un 15,2% de la población activa del municipio.