El sector primario da trabajo a un 10,1% de la población activa de Santoña. El de Santoña es el primer puerto de Cantabria en capturas de numerosas especies (según datos de 2002 encabezaba las listas de desembarcos de verdel, chicharro, sardina, anchoa, bonito, relanzón/paparda); en 2002 se desembarcaron 5.670,573 toneladas de verdel/sarda (en 2001 fueron 6.608,033); 2.964,293 toneladas de chicharro/jurel (en 2001 fueron 2.347,797); 1.728,990 toneladas de sardina (en 2001 fueron 1.530,531); 877,909 toneladas de bocarte (en 2001 fueron 2.823,248); 386,579 toneladas de bonito (en 2001 fueron 470,781) y 451,279 toneladas de relanzón/paparda. Otras especies capturadas en grandes cantidades son la caballa (453,448 toneladas en 2002 y 443,701 en 2001), la merluza (0,130 toneladas en 2002 y 0,402 en 2001) y el rape (21,467 toneladas en 2002).