La utilización de la madera para los hornos de La Cavada provocó una importante deforestación del municipio, de forma que el roquedo aflora con frecuencia. No obstante, aún quedan restos de un antiguo bosque con algunas manchas de encinar y hayales sobre calizas a partir de los 500 m de altitud en las zonas de La Venta y Las Calzadillas. En la cima del puerto de Alisas, junto al mirador, estos hayales han sido sustituidos por un matorral de porte bajo con plantas como brezos comunes, eufrasias, teucrios de los Pirineos, tés del puerto de hojas pecioladas y seselis cantábricos; estos dos últimos constituyen endemismos de áreas concretas del norte de la Península Ibérica.

Además, el municipio cuenta con algunas cagigas y encinas centenarias en Barrio de Arriba y en la zona de las escuelas de La Cavada.

El hecho de que Riotuerto sea un área muy deforestada hace que en él se encuentren pocas especies animales. En este sentido, se pueden ver aves rapaces y zorros en las zonas de pequeños bosques de La Venta y Las Calzadillas, junto a las truchas del río Miera.

En el puerto de Alisas es fácil escuchar las evoluciones de las chovas de pico rojo y también de golondrinas comunes.