Miera cuenta con varios yacimientos arqueológicos de interés. Entre ellos se cuentan las cuevas de Rascaño, Salitre, Las Regadas y el Piélago I y II. Rascaño, se encuentra en Mirones y custodia abundantes materiales del Paleolítico (entre ellos la secuencia más completa del Magdaleniense de Cantabria) y la Prehistoria Reciente. La cueva delSalitre se encuentra en Ajanedo. Fue descubierta en 1903 por Lorenzo Sierra (conforme a los datos de que se disponen fue una de las primeras cavidades con manifestaciones de arte rupestre localizadas en Cantabria después de Altamira). A finales de la década de los setenta del pasado siglo fue objeto de las primeras excavaciones de carácter científico. Custodia un importante yacimiento con una secuencia estratigráfica que incluye niveles del Auriñaciense, Solutrense, Magdaleniense y Aziliense. También alberga interesantes muestras de arte parietal paleolítico, que incluyen representaciones naturalistas ejecutadas en pintura roja de difícil identificación, trazos en macarroni y marcas y puntuaciones hechas con carbón vegetal. La cueva del Salitre fue declarada Bien de Interés Cultural en 1980. Las Regadas, situada en La Cárcoba, contiene un depósito de materiales atribuidos al Musteriense y manifestaciones de arte parietal paleolítico. Se trata de grabados muy gruesos que se han identificado como la cabeza de un cierto y un rebeco. Las cuevas de Piélago I y II, en Mortesante, han aportado la secuencia más completa y documentada del Aziliense.
