San Miguel, en la localidad homónima, está documentada desde el año 1210, no obstante, las partes más antiguas que han sobrevivido se remontan al XVI y el grueso de la iglesia fue levantado a comienzos del XVII. Se trata de una iglesia con planta de cruz latina, cabecero rectangular y la torre a los pies. Su traza y condiciones se atribuyen a Juan de Naveda –en su nave y torre se considera que fueron seguidos los diseños de Francisco del Cueto, maestro de cantería que intervino en el templo entre 1652 y 1681–. Se trata de un templo con planta de cruz latina, cabecera rectangular y torre a los pies (concluída hacia 1673). Aloja un retablo mayor de comienzos del siglo XVIII, con traza de Lucas Ortiz, que fue construido por Francisco Albo Solar; concluido por Juan de Vierna y Vicente Ortiz, y profundamente reformado en el siglo XIX. Durante su restauración en 2003 se descubrieron pinturas murales datadas en el siglo XVII. Otras obras muebles de esta iglesia son el retablo de la Vera Cruz, anterior a 1652 y situado en el brazo del crucero del lado de la Epístola; el retablo de Nuestra Señora, en el lado del Evangelio, ejecutado entre 1660 y 1680 y atribuido a Juan de la Puente Mazateve; y un retablo churrigueresco situado también en el lado del Evangelio, realizado entre 1720 y 1730.

San Mamés, en la localidad homónima, fue erigido a lo largo del siglo XVII, sobre los restos de un templo anterior (la capilla mayor se remonta al siglo XVI), siguiendo, como en el caso de San Miguel, las trazas de Juan de Naveda, veedor del arzobispado de Burgos, que adaptó su propuesta a los materiales existentes. Se trata de un templo de cruz latina con torre a los pies y cabecera ochavada. En su exterior es de reseñar la portada de orden compuesto. La torre fue levantada en 1655. El retablo mayor ya no existe y de su patrimonio mueble destacan el retablo de la Resurrección, dorado en 1705; el retablo de la Purificación, en la capilla del lado del evangelio, dorado en 1748, con un relieve de la Purificación o Presentación en el templo del XVI; y una imagen de Nuestra Señora del Rosario tallada hacia 1624, siguiendo un modelo de Juan de Pobes.

San Bartolomé, situado en la localidad homónima fue en sus orígenes dependiente de San Miguel, se instituyó como parroquia a finales del XVII, siendo arzobispo de Burgos (diócesis de la cual dependían los terrenos de Cantabria) Juan Fernández de Isla, natural de la Junta de Siete Villas. El templo fue construido en el siglo XVIII, a partir de una anterior ermita, sobre un proyecto de Marcos de Vierna. Las obras tuvieron lugar en dos etapas la primera a comienzos de la centuria y la segunda a partir de 1773 (en 1775 se erigió la espadaña, siguiendo trazas de Francisco Menezo). Se trata de un templo de cruz latina, con cabecera poligonal a la que se abre una sacristía. Custodia una interesante serie de retablos, de la segunda mitad del XVIII, de estilo neoclásico (el del lado del evangelio parte de un diseño de José Manuel de la Roza).

El santuario de Nuestra Señora de los Remedios tiene su origen en la milagrosa aparición de la Virgen a una vecina de Meruelo en el año 1629. El templo, de una nave de dos tramos, fue levantado en la primera mitad del siglo XVII y ampliado en el XVIII, con la construcción de un camarín tras la capilla mayor en el que intervino Marcos de Vierna, sobre planos de Juan Antonio de la Sierra. Custodia un retablo prechurrigueresco de Juan Antonio del Mazo. Este tramo, cubierto con una bóveda de crucería, está iluminado teatralmente por un óculo. El retablo camarín, de estilo churrigueresco, fue contratado en 1751 por Pedro de la Lastra Gargollo y su diseño es obra de Juan Antonio del Mazo. Aloja una imagen de la Virgen de los Remedios de origen gótico.

Otras construcciones religiosas a reseñar en este municipio son la ermita de Santa Rosa, en el barrio de Vierna, de la primera mitad del siglo XVIII, con un retablo de la segunda mitad de dicha centuria. Revisten especial interés los humilladeros de la Vera Cruz (ermita de San Roque), en San Bartolomé, construido entre 1621 y 1622 por la cofradía homónima, y un segundo, que alberga una imagen de Jesús crucificado, en el sbarrio de San Miguel.