En Marina de Cudeyo se pueden visitar las iglesias parroquiales de San Juan (Agüero), San Martín (Gajano), Santiago (Orejo), San Miguel (Rubayo), San Vicente (Setién), San Bartolomé (Elechas), San Pedro (Pedreña) y San Juan Bautista (Pontejos).

San Juan de Agüero es una de las iglesias más antiguas del municipio. Fue fundada en el siglo XIV y reformada durante el siglo XVII. La capilla mayor de este templo de una nave, con capillas laterales y torre a los pies, albergaba el sepulcro gótico de Pedro González de Agüero, patrono fundador de la iglesia, datado a finales del XIV que cubría una imagen yacente del difunto. El fallecido es representado de forma esquemática, vestido con una cota y cubierto por una túnica de amplios pliegues, mientras acaricia un halcón con una mano y un perro le observa tumbado a sus pies. Se considera que la figura fue realizada en el taller de las Huelgas de Burgos. Desde 1968, esta imagen se encuentra en el Museo Diocesano Regina Coeli de Santillana del Mar. Junto al sitio que ocupara la tumba se halla una copia de un San Juan Bautista de José Ribera, que pudiera haber sido realizada en el taller del pintor valenciano afincado en Nápoles. En el exterior del templo destaca el porche apoyado en columnas toscanas y adosado a la fachada sur, donde se sitúa la portada. La iglesia y otros elementos patrimoniales de la localidad forman el conjunto histórico de Agüero declarado Bien de Interés Cultural en 1985.

San Martín de Gajano fue erigido en los siglos XVI y XVII. En 1690, la suma de dos naves a la ya existente transformó el templo en una iglesia de salón –esta ampliación se debió a los maestros de cantería Francisco de Villa y Juan Gómez de Velasco–. En su interior alberga un retablo mayor churrigueresco cuya construcción fue contratada en 1723 a los maestros Jerónimo de la Revilla –que sigue en éste la estructura de otros retablos suyos–, Juan de las Cavadas, Felix y Lorenzo de Rivas. Las naves colaterales están ornadas con retablos de estilo rococó de finales del XVIII.

Santiago de Orejo comenzó a edificarse en el siglo XVI, fue ampliado en el XVII con la suma de una capilla y una torre y concluido en el XVIII, cuando se erigió la sacristía. La capilla, abierta en el lado del evangelio, de una nave de tres cuerpos, fue fundada por el licenciado Francisco de Agüero Setién en 1680, sigue modelos clasicistas y alberga un retablo de piedra, contemporáneo a la construcción de la capilla. El retablo mayor de la iglesia está datado a finales del XVII.

San Vicente de Setién es resultado de una reedificación acometida en el siglo XVII –se considera que es resultado de una obra contratada en el año 1656 con los maestros Francisco Gómez y Agustín de Casuso Molino–. Se trata de un templo de una nave con una bóveda de cañón de dos tramos decorada con lunetos de yesería y una cúpula de yesería sobre pechinas. Alberga un retablo mayor churrigueresco concluido en 1714, obra del maestro ensamblador Jerónimo de la Revilla. Está flanqueado por dos retablos neoclásicos realizados a finales del XVIII, comienzos del XIX. La iglesia y un cercano palacio fueron incluidos en el Inventario General del Patrimonio Cultural de Cantabria en 2001.

San Miguel en Rubayo fue comenzada en el XVI y reformada en el XVIII, cuando se alzan la nave principal y la torre. Custodia un retablo churrigueresco contratado en 1692 con el maestro ensamblador Jerónimo de la Revilla, representativo de los talleres de Cudeyo. En 1985 fue descubierto durante una restauración un retablo pintado el muro oculto por el mayor. Se le data en el año 1569.

San Bartolomé de Elechas es una construcción contemporánea que sigue los modelos tradicionales de las iglesias de Trasmiera. Se considera concluida hacia 1916 y vino a sustituir al templo de San Bartolomé de Vedia. Del patrimonio mueble conservado en su interior destacan dos figuras romanistas talladas a finales del XVI, principios del XVII.

San Pedro de Pedreña fue construida después de la Guerra Civil, durante la cual fue destruida el templo primitivo. Como en el caso de San Bartolomé, también este templo se basa en el ejemplo de las iglesias trasmeranas. En su interior destaca un mural del pintor Fernando Calderón de inspiración bizantina que incluye representaciones de los apóstoles y la Trinidad enmarcadas por los Tetramorfos.

San Juan Bautista de Pontejos fue destruida durante la Guerra Civil. La moderna iglesia de San Juan fue erigida en 1946, como en el caso anterior, trata de incorporar algunos elementos formales de la tradición constructiva de Trasmiera.

Otros santuarios a reseñar de este municipio son la ermita de Nuestra Señora de las Nieves de Gajano, de mediados del XIX, con una talla de la Virgen del XVII; la ermita de la Virgen del Carmen de Orejo, de origen medieval y reedificada en el siglo XVII, con un interesante retablo de piedra; la ermita de San Andrés de Rubayo, documentada desde comienzos del XIX; y la capilla del antiguo sanatorio marítimo de Pedrosa, edificada en 1943. También son de interés el humilladero de Agüero, fechado en 1828, y el de Setién, de factura moderna.

Son numerosas las construcciones religiosas desaparecidas en Marina de Cudeyo. En Elechas constan la iglesia de San Bartolomé de Vedia, situada junto a la bahía y reformada hacia el siglo XVI; la ermita de San Roque, del siglo XVIII; y el hospital de San Lázaro del Prado, de origen medieval y documentado desde el XVII. En Gajano ya no existen ni la ermita de Nuestra Señora de la Consolación, reedificada en el XVIII, ni la ermita de Santa Ana. Y en Setién no quedan vestigios de la ermita de la Magdalena, reedificada en el XVIII. Durante la Guerra Civil fueron destruidas la iglesia de San Pedro en Pedreña y la iglesia de San Juan Bautista del siglo XVII en Pontejos, así como las ermitas de Nuestra Señora de Muslera, del siglo XVIII, y de San Pantaleón también en Pontejos.