Su localización a orillas de la bahía de Santander, entre la ría de San Salvador y la de Cubas –que separa las localidades de Pedreña y Somo–, hace de este municipio una zona rica en recursos naturales y ecosistemas de interés, en especial las marismas que permiten el marisqueo de moluscos como las almejas y las navajas. Además, su recortada línea de costa ofrece bellos lugares de ocio. Resalta en esta zona la playa de El Puntal, una flecha arenosa que separa la desembocadura de la ría de Cubas y el mar abierto.

El municipio engloba la zona intermareal al este de la canal principal de la bahía de Santander –desde la Punta del Rostro hasta la Punta de Pontejos–, formada por la unión de diversas rías menores como las de Solía, San Salvador y Cubas –ésta, desembocadura del río Miera. Destaca igualmente el estuario del río Miera, catalogado como Lugar de Interés Comunitario (LIC), y la isla de Marnay, también llamada isla de los Ratones, un pequeño islote situado en la zona interior de la bahía de Santander frente a la localidad de Elechas.

La isla de Pedrosa, frente al pueblo de Pontejos, es otro enclave de interés que se encuentra en la actualidad comunicado a tierra firme por un puente.

Ríos. La ría de Cubas es una de las que conforman la bahía de Santander. Constituye la desembocadura del río Miera, cuyas aguas, nacidas en Portillo de Lunada (en el municipio de San Roque de Riomiera), bañan una parte del municipio de Marina de Cudeyo hasta su salida al mar por la localidad de Pedreña, uniéndose a la bahía de Santander. Se trata de la ría más oriental de la bahía santanderina y su salida al mar está flanqueada por el arenal del Puntal.