Flora. La flora presente en el municipio está caracterizada por la vegetación típica de marismas en la zona de Pedreña, como, por ejemplo, la salicornia. Además, en los taludes que descienden hasta el mar existe abundancia de abedules silvestres e interesantes especies de helechos como el antogil. En las márgenes de la ría de Cubas se encuentra vegetación de marismas y en la isla de Pedrosa pueden contemplarse interesantes especies arbóreas, de entre las que destacan grandes cipreses, un ciprés de Monterrey, cagigas, tilos, grandes ejemplares de eucaliptos y un denso arbolado de robles que llegan hasta la orilla de la ría.

Fauna. En cuanto a la fauna, las especies marinas están presentes en el estuario del Miera y en la bahía de Santander, en donde tienen representación diversos grupos zoológicos marinos como almejas, berberechos, muergos, lapas y bígaros, a lo que se unen multitud de aves acuáticas como grullas, espátulas, garzas, zapullines, garcetas, cormoranes, cigüeñas, zarapitos y mirlos, entre otros.