Escalante se halla al este de la Reserva Natural de las Marismas de Santoña, Victoria y Joyel, creada en 1992, incluida en 1994 en el Convenio Ramsar para la protección de los humedales y declarada Lugar de Interés Comunitario (LIC). Abarca 4.341,69 hectáreas de diez municipios, correspondiéndole a Escalante 506,67 ha (un 11,67%), que se extienden al este del municipio, por los terrenos adyacentes a la CA-141 y la CA-241 (esta última tendida sobre la misma marisma). Se trata de un sector de llanura en el cual penetra el curso de agua del canal de Ano, que alimentan los arroyos de Pozeirún y Rionegro y serpentea al sur del municipio, bordeando la elevación cónica de Montehano (186 m) y la marisma de La Saca. Esta zona está sometida a la influencia de los constantes flujos de marea y se caracteriza por los marjales, islotes que sobresalen del fangal, formados por la acumulación de sedimento, en los cuales se localiza la mayor parte de la actividad biológica.