Los yacimientos más destacados de Entrambasaguas se encuentran en la cueva de Cuesta de la Encina (con tres bocas denominadas simplemente A, B y C) y la cueva de los Murciélagos, ambos en la localidad de Navajeda y descubiertos en los años setenta. Ambas guardan, entre otros elementos de interés, niveles intactos de la Prehistoria Reciente y una serie de testimonios de arte parietal paleolítico en Cuesta de la Encina cosiste en un panel de grabados gruesos de motivos lineales, entre ellos una gran aspa.
Por otro lado, es de señalar que sobre la cima del Pico Mizmaya de Entrambasaguas se han reconocido los restos de un castro cántabro (en el mismo emplazamiento se hayan vestigios medievales). Se trata de una serie de restos de murallas con una puerta a una torre o bastión. En Hoznayo se localizan los restos del poblado de Cueto Marín.
