Espacios protegidos.

Bárcena de Cicero se halla al sureste de la Reserva Natural de las Marismas de Santoña, Noja y Joyel, creada por la Ley 6/1992, de 27 de marzo e incluida en el Convenio Ramsar en 1994 para la protección de los humedales. Declarada Lugar de Interés Comunitario (LIC). Depende del Organismo Autónomo Parques Nacionales y se extiende por terrenos de diez municipios, correspondiéndole a Bárcena de Cicero 495,38 hectáreas (un 11,41%) de las 4.341,69 protegidas.

En Bárcena la sección protegida se extiende al norte por los márgenes de la ría de Escalante y al este por la ría de Treto, formada por la confluencia de las rías de Rada y Limpias, que son tramos finales de los ríos Clarín y Asón respectivamente.

Los cursos de agua y amplias llanuras que se alzan junto a ellos están sometidos a la influencia de los constantes flujos de marea y se caracterizan por los marjales, islotes que sobresalen del fangal y que se forman por la acumulación de sedimento; en ellos se localiza la mayor parte de la actividad biológica.

Bárcena de Cicero ha incorporado diversas infraestructuras al entorno del humedal, como son las sendas peatonales, zonas de estancia y los observatorios, con la finalidad de que los visitantes puedan acercarse y conocer mejor este patrimonio natural sin que éste se vea perjudicado. Además, se prevé la recuperación y protección de las condiciones originales de la marisma de La Saca, en el sector noreste del municipio.