Flora de Arnuero.

La vegetación que puebla las áreas de estuario de la marisma de Joyel se compone de especies adaptadas a soportar mucha sal; entre ellas se cuentan algas y plantas como las zosteras, que viven en canales profundos. En el intermareal pueden encontrarse la salicornia y la verdolaga marina, y en las riberas, en las que abunda el agua dulce, juncos y carrizos.

Entre los árboles singulares que pueden verse aislados en fincas y parajes de Arnuero se cuenta el gingko o árbol de los cuarenta escudos originario de Asia, que crece en la finca de los herederos de Luis Sanjurjo.

Entre las plantas de este municipio cabe destacar la flora de grandes herbáceas de los acantilados de Cabo Quejo, en donde es frecuente encontrarse con la flor de lis o azucena silvestre.

En el monte Cincho pueden verse algunos arbustos de filiación mediterránea como el madroño, el laurel, el aladierno, el labiérnago, la jara y la zarzaparrilla.

Fauna de Arnuero.

La Reserva Natural de las marismas de Santoña, Victoria y Joyel está declarada Refugio Nacional de Aves y desde 1994 tanto los terrenos de la reserva como la ría de Ajo, que recorre el margen occidental del municipio de Arnuero, tienen la consideración de Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), incluida en la Red Natura 2000. Esta protección alcanza a un área fundamental en el paso migratorio de aquellas especies que anidan en la tundra y la taiga del norte de Europa y Siberia, tanto las migrantes de corto radio como las de larga migración. Asimismo, las marismas son para muchas aves una zona de invernada, llegándose a contabilizar hasta 20.000 ejemplares de un centenar de especies distintas.

Entre las aves que pueden verse en las secciones de la reserva y la ría de Ajo se cuentan varias protegidas y en peligro de extinción, como la espátula (aquí se reúne el 50-75% de la población holandesa), el colimbo grande, el colimbo ártico... Otras especies aquí localizadas son el zampullín cuellinegro y chico; el cormorán; las grandes zancudas como la garza real e imperial o la garceta común; diversas limícolas, como la cigüeñuela, el zarapito real (volancico), el zarapito trinador, el archibebe común, chorlitos grises, agujas colipintas, chorlitejo grande, avoceta, correlimos comunes, gordo, zaripitín y menudo; anátidas (que representan una de las poblaciones más numerosas de invierno) como el ánade cuchara, silbón, real o friso, el éider, el porrón común y moñudo –que se encuentran en gran número en el Joyel– y la cerceta común; y láridos como la gaviotas patiamarilla, sombría, reidora, charranes común y patinegro.

En el monte Cincho, otro de los espacios singulares de Arnuero, situado al sur del Joyel, entre Soano y la capital se pueden ver especies propias de encinares cantábricos como el chochín, el petirrojo, el verderón, la curruca capitorada, el reyezuelo listado y el mirlo.