Al sector secundario pertenece casi el 23% de los trabajadores santanderinos, de los cuales el 13,9% se dedica a la industria y el 9,8 restante a la construcción. Una de las empresas más relevantes asentadas en el área de la capital cántabra es Global Steel Wire, establecida con el nombre de Trenzas y Cables de Acero en 1951. Es una empresa española líder en la fabricación de cables y soportes de acero y acero con aluminio, cuyas instalaciones fabriles se hallan situadas en las afueras de Santander, más concretamente en la zona correspondiente a Nueva Montaña.

Asimismo, también hay varias empresas dedicadas a la producción de cemento y hormigón, así como otras muchas relacionadas con el abastecimiento para el sector de la construcción, y múltiples negocios referidos a los diferentes oficios relacionados con éste.

Las áreas de concentración fabril de la ciudad se ubican en la periferia de la misma. De esta forma, cabe destacar el citado polígono de Nueva Montaña y el del Campón (Polígono Nueva Europa), ambos en Peñacastillo, así como el de Raos, a la entrada de la ciudad.

La tradicional actividad portuaria también constituye una parte importante de la economía santanderina. De hecho, el puerto de Santander es otro de los motores económicos fundamentales. En torno a él se han generado importantes nudos de condensación comercial e industrial que favorecen el equilibrio territorial. Su posicion geográfica, así como sus condiciones naturales, sus infraestructuras de acceso, atraque y almacenamiento, y la calidad de sus servicios son algunas de las cualidades que han permitido que Santander ocupe este papel fundamental como puerta de entrada de mercancías por mar hacia una amplia zona de la geografía nacional. Uno de los negocios más destacados, en el que se han batido récords de tráfico, es el automovilístico, que ha permitido situar a Santander en el grupo de cabecera de los grandes puertos españoles en lo que a transporte de vehículos se refiere.

En 2003 el movimiento total del tráfico portuario, sin incluir la pesca y el avituallamiento, superó la cifra de los 5.370.000 toneladas, apenas 40.000 tm menos que el año anterior, lo que representa un 0,7% de diferencia respecto a 2002, año de mayor tráfico en la historia del puerto santanderino.

Junto a los automóviles nuevos, papel, productos siderúrgicos o madera son algunas de las mercancías cargadas o descargadas mediante el sistema de rodadura. A todo ello hay que unir el tráfico de graneles sólidos y líquidos, así como el de pasajeros, que se divide entre los viajeros que genera la línea de ferry con Inglaterra y los de los cruceros que visitan el puerto, que en 2003 registraron 112.000 y 6.300 pasajeros, respectivamente.