El aprovechamiento intensivo de sus recursos, unido al fuerte impacto de las actividades industriales y de la urbanización en el valle de Camargo a lo largo del tiempo, han supuesto un notable retroceso de sus ecosistemas naturales. Así, los espacios ajenos a la presión antrópica son escasos en número y limitados en extensión, lo que acrecienta su valor dentro de este ámbito espacial y les hace merecedores de la máxima protección.

Las áreas donde la roca caliza está presente son el hábitat natural de los encinares cantábricos, que aprovechan la aridez del substrato para su desarrollo. En Peñas Negras (Escobedo) y en los montes de La Verde, que se extienden entre los pueblos de Revilla e Igollo, aparecen las mayores superficies del encinar, aunque en muchas otras localizaciones quedan muestras regresivas de este bosque. La encina y el laurel son las especies dominantes, pero a ellas se unen numerosas especies de arbustos y matorrales que completan un rico sotobosque. El encinar es también el hábitat de distintos mamíferos y reptiles, a los que se añaden diversos tipos de aves.

Camargo cuenta con otras masas arbóreas de menor entidad, reductos de los bosques atlánticos y mixtos que antaño ocupaban buena parte del término. Destaca una mancha de robledal en el entorno de El Pendo y las franjas arboladas que rodean los encinares, en las que los robles suelen combinarse con los castaños y se acompañan de un variado sotobosque en el que aparecen especies como los acebos y los avellanos, además de un bien representado estrato herbáceo.

Un ecosistema de gran interés en Camargo es el que forman los humedales y marismas, tanto por la vegetación herbácea que en ellos se desarrolla como, sobre todo, por ser refugio y lugar de nidificación de numerosas comunidades de aves. Destacan las marismas de Alday, Raos y Parayas, en el entorno del aeropuerto; así como el Pozón de la Dolores, un lago artificial creado como lavadero de mineral que hoy constituye un interesante espacio protegido. El porrón común, la focha y el correlimos son algunas de las aves más características de estos espacios, donde también se dan cita otras especies migratorias como la avefría o el chorlito dorado.

Por otra parte, el desarrollo de la ganadería de vacuno lechero supuso en Camargo, como en muchos otros municipios cantábricos, un retroceso de las masas arboladas a favor de las praderas destinadas al pasto o a la siega. Así, los prados ocupan hoy una significativa proporción del territorio y son una de las claves de su verde paisaje; en ellos se intercalan algunas áreas de cultivo, especialmente en las mieses de cada uno de los pueblos.

También los cultivos forestales de eucaliptos están ampliamente representados en el término municipal. Se trata de plantaciones que apenas se acompañan de otras especies vegetales (salvo zarzas, tojos y algunas plantas herbáceas) y en donde tampoco la fauna tiene una representación destacada.