La industria da trabajo a un 28% de la población activa del municipio. La construcción naval, que le dio origen, es todavía uno de los pilares de su economía y continúa a través de la empresa Astilleros de Santander (Astander), vendidos por la SEPI (Sociedad Estatal de Participaciones Industriales) a Italmar en 1999. No obstante el proceso de reconversión del sector ha hecho que el peso de la industria local se haya transferido en buena medida a las pymes, muchas de ellas surgidas como industrias auxiliares o ligadas a los astilleros.

El municipio cuenta así mismo con dos importantes polígonos: el Polígono Industrial de Guarnizo, fundado en 1972, que cuenta con una superficie de 55.640 m2, dividos en ocho grandes parcelas que tienen una superficie de 26.672 m2; y El Parque Empresarial Cantabria, todavía en fase de venta, con una superficie de 638.500 m2, divididos en 57 parcelas, con un total de 377.812 m2.

Entre las empresas emblemáticas de El Astillero se cuentan la mencionada Astander, dedicada principalmente a la reparación y reconversión de barcos; Edscha, ubicada desde 1979 en Guarnizo, que fabrica piezas para vehículos; y Ferroatlántica, inaugurada en 1914 y dedicada a la fundición de ferrosilicio y ferromanganeso.

En cuanto al sector de la construcción, éste da trabajo a un 11,8% de la población activa. En las postrimerías del siglo XX, experimentó un fuerte crecimiento gracias, sobre todo, a la demanda de viviendas de nuevos ciudadanos que han hecho de ésta, una ciudad de servicios que continúa creciendo.