El sector agropecuario da trabajo al 21,3% de los habitantes de Peñarrubia. En cuanto a la superficie total de las explotaciones, según datos del censo agrario de 1999, de un total de 5.385 ha, la mayor parte se destinan a especies arbóreas forestales y pastos permanentes. En los escasos terrenos dedicados a la labranza crecen plantas herbáceas. En cuanto a las especies ganaderas criadas, atendiendo a datos de 2001, predominan las vacas, seguidas por las cabras, las ovejas y los caballos. En este apartado ha de subrayarse el peso cobrado por la fabricación de quesos en Peñarrubia, cuyos productos se incluyen dentro de la denominación de origen ‘Quesucos de Liébana’, la mayor parte de los cuales se elabora mezclando leche de distintas especies.