Flora. En la parte norte del municipio, abierta al valle de Cabezón, se concentran los núcleos urbanos y predomina el paisaje de praderías salpicado de bosques de repoblación de pino y eucalipto. El sur apenas está poblado y es mucho más abrupto, pues está recorrido por una serie de elevaciones que avanzan perpendiculares a la continuación de la Sierra del Escudo de Cabuérniga y regado por numerosos arroyos. Coronan estos altos los picos de Cerezo (759 m), el Alto de Toral (907 m), Mozagro (872 m) y Pico Acebo (864 m). En esta área crecen bosques mixtos con predominio del roble, si bien también se pueden ver hayas. Por último, destaca el brezal que cubre aquellas partes en las que ha desaparecido el bosque primitivo. En la vega del río sobresalen las choperas de repoblación y el bosque de ribera, caracterizado por los alisos, los sauces y la budleia asilvestrada.

Fauna. En las zonas en las que se alternan los prados y las manchas de bosque se cobijan pequeños mamíferos como el erizo, el zorro y la comadreja. En las partes altas, dominadas por el pastizal y el matorral, y en la vega fluvial de Mazcuerras se pueden ver rapaces como el ratonero y el milano negro, cuyas presas favoritas son pequeños mamíferos y reptiles.

Por último, el territorio de Mazcuerras está incluido dentro de la Reserva de Caza del Saja, la más extensa de España, con 180.186 ha, la tercera parte de la extensión total de la región, que se extienden entre los Picos de Europa y la cuenca del río Besaya. Creada en 1996, alberga una completa representación de la fauna ibérica propia de la Cordillera Cantábrica. A Mazcuerras le corresponden los lotes de Mozagro y Coo.