Flora. El espacio físico de Cabuérniga, enmarcado por el valle y el río, posee una gran riqueza forestal y paisajística, que es más destacada en el otoño, cuando los bosques se tiñen de una gran variedad de colores. Así, la vegetación de esta comarca es notable, alcanzando un gran desarrollo los bosques caducifolios, fundamentalmente de ribera y de roble, así como inmensas praderías. Abundan en la zona superior de las lomas y montes que cierran la vertiente del valle los pastizales y matorrales atlánticos, sin apenas presencia del matorral mediterráneo. Asimismo, son frecuentes las repoblaciones no sólo de pinos, sino de alerces, más raro en repoblación.

Hay que destacar el bosque de monte Aá, una masa forestal de frondosas, compuesta sobre todo por cajigas, con hayas en las zonas más elevadas. En su interior se hallaba el mítico ‘Cagigu Cubilón’, uno de los árboles más impresionantes de Cantabria, desaparecido hace unos pocos años. Afortunadamente, el bosque todavía cobija magníficos ejemplares de robles como los denominados ‘Belén’ y ‘Mellizo’. Otro árbol sobresaliente es la castañera de Terán, junto a la iglesia del pueblo, y el robledal y hayedo en Viaña. Y, por último, de especial interés por su singularidad es el plátano de Sopeña.

Fauna. Debido a la abundancia de arbolado, Cabuérniga es un lugar idóneo para el desenvolvimiento de la fauna silvestre. Abunda el ciervo, que ha sido reintroducido con fines cinegéticos, el corzo, el jabalí, el zorro, el rebeco, etc. El gran carnívoro del Parque Natural Saja-Besaya es el lobo, aunque, debido a la persecución a la que fue sometido, en 1970 estaba prácticamente extinguido; no obstante, hoy en día se le puede observar. También son numerosas las poblaciones de rapaces menores (cernícalo, milano, ratonero), así como las colonias de buitres leonados. El Parque Natural es, asimismo, refugio de alguna especie protegida, como es el oso pardo, que aparece de forma ocasional, y el urogallo, ya que alberga los cantaderos de este animal más orientales de la Cordillera Cantábrica.

Por otra parte, la zona de Cabuérniga es un lugar ideal para escuchar durante los amaneceres del otoño la ‘berrea’ o mugidos del ciervo en celo.