San Juan Bautista presenta planta de cruz latina y fue construido en la segunda mitad del siglo XVII. En 1701 se procedió a ampliar la capilla mayor cubriéndola con una bóveda de crucería con combados; en 1742 se cerró la nave por bóvedas de crucería con combados en el primer tramo y sin tramos en el segundo; en aquellas fechas se levantó la espadaña de cuatro cuerpos a los pies. En su interior alberga cinco retablos del siglo XVIII, entre los que destaca especialmente el mayor, de orden salomónico con dobles columnas en la calle central.

La ermita de Nuestra Señora de Valvanuz se encuentra a las afueras de Selaya, en un pradería de la ladera de San Bartolomé, junto a la carretera que conduce a Bustantegua. Se trata de una construcción de finales del siglo XVII formada por una nave de 33 m de larga por 9 m de ancha, dividida en cuatro cuerpos separados por tres arcos. con la entrada albergada bajo un pórtico lateral de similar longitud que la propia iglesia. Del exterior destaca su espadaña barroca de decorada con motivos herrerianos, (pináculos y bolas) que aparecen también en otros puntos del tejado, y el escudo Real de Castilla y León esculpido en piedra, que se repite en el pórtico, aunque policromado. Ambos blasones testimonian que el templo pertenecía al Patronato Real. De su patrimonio mueble es de reseñar la imagen de la virgen, patrona de los pasiegos, fechada en torno al siglo XIII. Se trata de una figura sedente de estilo gótico con el niño sentado sobre su rodilla izquierda; está tallada en madera y tiene una altura de unos 60 cm. En el mismo santuario se localiza una talla de Santa Rita de 80 cm, realizada en madera, datable en el siglo XVII. Tras el edificio existe una fuente que mana, según cuenta la leyenda, en el lugar donde la Virgen posó su pie.

El patrimonio arquitectónico religioso de Selaya se completa con las ermitas de San Bartolomé, del siglo XVII, que está ubicada cerca del Pico Giniro; San Roque, en la plaza de La Colina; San Esteban, en el barrio del mismo nombre; y la ermita de Nuestra Señora de las Nieves, edificada Pisueña en 1850. Así mismo apuntar que existen también varios viacrucis completos en la comarca, siendo uno de los más conocidos el de Selaya, que comienza en el centro del pueblo y jalona la ascensión hacia la ermita de Valvanuz.