Al patrimonio arqueológico de Liendo pertenecen los yacimientos de las cuevas de los Abalorios, la del Pinto y la de las Lapas; ésta ha proporcionado material del Epipaleolítico. Al sur del municipio, en el Monte Cuesta Negra, entre Limpias, Ampuero, Guriezo y Liendo, se localiza una extensa necrópolis megalítica que enmarcan los menhires de Yelso de Hayas, al oeste, y Alto Guriezo, al este. Sobresalen los túmulos de Pozobal y Hayas I, uno de los monumentos megalíticos más antiguos de Cantabria, de 5.500 años de antigüedad. Cerca del menhir de Hayas se localizó un asentamiento mesolítico.
En cuanto a la arqueología medieval, a finales de la década de los ochenta del pasado siglo, se excavaron las ruinas de la ermita tardorrománica de San Julián y una sepultura perteneciente a una necrópolis situada junto a ella.
