La huella de los marqueses de Comillas también alcanza y deja su huella indeleble en el patrimonio religioso de la villa conocida popularmente como ‘la villa de los arzobispos’, gracias a dos obras: la capilla panteón de los marqueses y la Universidad Pontificia. La capilla panteón de Sobrellano está integrada en un conjunto con el palacio de Sobrellano, ambos encomendados por el primer marqués de Comillas Antonio López al arquitecto Joan Martorell i Montells. Se conoce un proyecto fechado hacia 1878 en el que ambos edificios a construir en la finca de Sobrellano, aparecen comunicados por una galería de arcos apuntados. El comienzo de las obras de la capilla se sitúa a finales de 1880, principios de 1881, actuando como delegado el arquitecto Camilo Oliveras Jensana. El templo, que toma préstamos de las distintas escuelas del gótico, fue inaugurado el 28 de agosto de 1881 durante una visita de Alfonso XII y su esposa María Cristina y en presencia de Jacinto Verdaguer, poeta y capellán de la familia López y los barcos de la Compañía Trasatlántica de la cual era propietario el marqués. Un año más tarde se iniciaron las obras en el palacio, dirigidas por el arquitecto Cristóbal Cascante, que concluyeron en 1888.

La capilla es un edificio construido en estilo gótico de una nave rematada con un ábside poligonal cubierta por una bóveda de crucería en el presbiterio y artesonado de madera en las capillas y la nave. En la portada sobre el tímpano y a los laterales se pueden ver distintos relieves y esculturas de Juan Roig Soler y escudos en mármol blanco de Lluís Ferreri. Los dos sitiales de caoba y los bancos que componen el mobiliario de la capilla fueron diseñados por Antoni Gaudí y tallados en el taller de Eduardo Puntí y los vitrales por Eudal Amigó. En la girola, tras el altar de bronce de Roig Soler se encuentra una serie de seis sepulcros en los que reposan los restos de Antoni López Bru obra de Venancio Vallmitjana, Claudio López y López y su esposa Benita Díaz de Quijano del escultor Joseph Llimona, Claudio López de Agapito Vallmitjana, Antoni López y López y Luisa Carlota Bru en un arca de bronce diseñada por Martorell y realizada en el taller de Francisco de Paula Isaura Fábregas con un relieve de Agapito Vallmitjana, María Luisa López Bru con una escultura de Agapito Vallmitjana y por último Juan Claudio Güell y Churruca y su esposa Angustias Martos en un mausoleo de Antoni Navarro Santafé. Otros miembros de la familia se encuentran enterrados en la cripta sellada por una losa repujada en bronce de Lluís Domènech i Montaner. El Palacio de Sobrellano, la capilla-panteón y el parque fueron declarados Bien de Interés Cultural en 2002.

La Universidad Pontificia, llamada inicialmente ‘Seminario de Pobres’, está ubicada en el alto de La Cardosa, aislado del núcleo de la villa, junto al mar Cantábrico. El origen de este centro educativo se remonta a 1881 cuando Antoni López decidió donar dos millones de reales para construir un lugar dónde instruir a jóvenes menesterosos. A la muerte del promotor, su hijo Claudio López encargó la obra –iniciada en 1883 y para la cual existía un proyecto del ingeniero de caminos Miguel Alcolado fechado en 1881– a Joan Martorell, haciéndose cargo Cristóbal Cascante de su dirección. Cuando este último falleció en 1889, Claudio López, acudió a Lluís Domènech i Montaner para que mejorara y embelleciera la construcción, siendo este último el responsable de, entre otros elementos, la puerta de Las Virtudes (esculturas de Eusebi Arnau i Mascort, sobre un proyecto de Domènech) la escalera principal, en el vestíbulo, las decoraciones del salón de actos (pinturas de Eduard Llorens Masdeu) y de la puerta monumental. Domènech respetó el recurso al eclecticismo gótico-mudéjar, de Martorell y contribuyó a que se multiplicara la ornamentación del conjunto, con una aportación en la línea del modernismo catalán, especialmente por el uso de la cerámica. El edificio seminario responde a una traza rectangular en el que dos grandes patios flanquean una iglesia que conforma un cuerpo central más elevado, una estructura similar a la que concibió en un principio Miguel Alcolado y parecida a otros centros docentes de la Compañía de Jesús. En 1912 se inauguró junto al primer bloque un nuevo pabellón de cemento: el Seminario Menor, obra del arquitecto bilbaíno José María Basterra, quien sigue las líneas del precedente. Durante la Segunda República el Seminario recibió la autorización de la Santa Sede para convertirse en una auténtica Universidad Pontificia. Sin embargo, desde 1977 la Universidad de Comillas desarrolla su actividad en Madrid. En 1985 fue declarada Bien de Interés Cultural, siendo protegidos tanto los edificios como los jardines que la rodean.

Otra participación de Domènech en el patrimonio religioso de la villa es su proyecto del cementerio, instalado en 1881 junto a las ruinas de una antigua iglesia de finales de siglo XV, comienzos del XVI. La intervención del arquitecto catalán tuvo lugar en 1893 y consistió en la integración de la ruina gótica en la estructura, proyectando un cierre en el que predominan los elementos decorativos –pináculos, cruces patadas o el arco de acceso–. Remata el conjunto la escultura del Ángel Guardián de Joseph Llimona, fechada entre 1894 y 1895 y asentada sobre la ruina gótica. En el interior del camposanto destacan algunos mausoleos, como el que el propio Domènech realizó para la familia de Joaquín del Piélago, hijo político del primer marqués. La fachada principal del cementerio de Comillas fue declarado Bien de Interés Cultural en 1983.

Otros templos de interés del municipio de Comillas son: San Adrián, en Ruiseñada de finales del siglo XV; y la iglesia parroquial de Trasvía del XVIII.