Pesaguero cuenta con varios edificios religiosos de interés, entre ellos, son de destacar la ermita de Nuestra Señora de la Asunción (Caloca), la iglesia de Avellanedo y San Juan Bautista (Lomeña).

La ermita de Nuestra Señora de la Asunción de Caloca es un edificio cuyo origen se remonta al siglo XIII. Está en una loma que protege el pueblo por el oeste, en el lugar denominado Collado de Andilejas. Es de una sola nave y lo más destacable de su exterior es la puerta principal de arquivoltas y su espadaña, así como los canecillos, que remontan a la época del románico. En 1996 se declaró a la iglesia de Caloca Bien de Interés Cultural con categoría de Monumento. Otro ejemplo de tradición gótica con elementos del románico popular es la iglesia de Avellanedo, con arco triunfal apuntado y bóveda de crucería con ligaduras.

Similares características presenta la San Juan Bautista de Lomeña de una sola nave y muros de mampostería y sillería y reminiscencias románicas en su interior. Posee una pila bautismal decorada y fechada en el año 1200. Por último reseñar la iglesia de Lerones que conserva algunos restos escultóricos románicos, pese a que su factura se hace remontar al siglo XIX.

Otras construcciones religiosas a destacar de Pesaguero son la parroquia de Barreda, con un retablo mayor barroco de finales del siglo XVIII; la parroquia de San Esteban de Cueva, con un retablo mayor cuyas características remiten a las obras de los talleres de Cudeyo y Camargo de finales del XVII; la parroquia de la Concepción de La Parte, con un retablo del XVIII; la iglesia parroquial de Pesaguero; la iglesia parroquial de Valdeprado, del siglo XVIII; y la parroquia de San Miguel de Vendejo, con varios retablos del XVIII.

Entre los santuarios del municipio se cuentan la ermita de la Inmaculada Concepción de Caloca, con un interesante tesoro mueble; la ermita de Santa Cecilia de Obargo, con un retablo del XVIII; la capilla de San Roque de Lerones, con una representación pictórica de la Transfiguración del XVII; y la ermita de San Roque de Vendejo, del XVIII.