El municipio de Valdeprado del Río custodia numerosas muestras de arquitectura religiosa de interés destacando el santuario de Montesclaros (Barruelo), Santa María (Barruelo), Santa Cruz (Arcera), San Juan Bautista (Aldea de Ebro), San Andrés, Nuestra Señora del Rosario (Arroyal de los Carabeos) y Santa María (Valdeprado del Río).

El santuario de Montesclaros es uno de los complejos religiosos más emblemáticos de Campoo, está situado al norte del municipio, en una ladera del monte Somalona, junto al límite con Las Rozas de Valdearroyo. Su origen se remonta a una construcción rupestre de los siglos VIII-IX. En 1217, en virtud de una decisión de Fernando III, se puso bajo el patronazgo real. Hacia 1677 empezó a levantarse la iglesia actual, haciéndose responsable de las obras Alonso del Pozo, cabeza de la comunidad de dominicos procedente de las Caldas del Besaya, que se hizo cargo de Montesclaros en 1686, en virtud de una disposición de Carlos II. El templo tiene planta de cruz latina de una nave con capillas laterales y el crucero cubierto por una cúpula clasicista. Presenta una espadaña a los pies y dos portadas barrocas de los siglos XVII y XVIII a las que se accede por una escalera de dos rampas sustituida en 1884 por un diseño de Juan de Dios. El retablo mayor es historicista, basado en los modelos platerescos, fue construido en 1892 y aloja la imagen de la Virgen de Motesclaros, una figura gótica datada en el siglo XIV. En la cripta se conservan los restos más antiguos, se trata de una cueva y una capilla de ábside cuadrado que recibe la luz por una estrecha ventana sogueada de aires asturianos; en los muros se trazaron líneas rojas que aparentan un muro de sillares cuyo interior está adornado con estrellas y una cruz patada; el altar presenta relieves mozárabes. Aloja dos sarcófagos, uno de ellos con una inscripción en castellano fechada en 1385. El santuario fue declarado Bien de Interés Local, con la categoría de inmueble en 2004.

Santa María de Barruelo de los Carabeos es una iglesia románica de dos naves. Fechada en 1264, fue ampliada en los siglos XVII-XVIII, momento en que se añadieron la torre y la sacristía y se cubrió con una bóveda de crucería una capilla situada en el extremo de la nave lateral. Además de la interesante decoración escultórica de los capiteles, custodia un singular mural situado en el muro del evangelio que representa una colorida última cena, la escena está enmarcada por una cenefa y una banda de entablamento; sus rasgos estilísticos llevan a datarlo a mediados del siglo XVI. Así mismo es de señalar que el presbiterio presenta una decoración geométrica de grandes bandas de color y que en las enjutas del arco triunfal se ha identificado una representación mural gótica de la Anunciación. Custodia un retablo mayor rococó datable hacia 1785, similar al retablo mayor de Argüeso que se atribuye al arquitecto Manuel García Bayllo. El retablo colateral del evangelio es prechurrigueresco, datable hacia 1678-1680 y similar a los construidos por el ensamblador reinosano Pedro Gutiérrez.

Santa Cruz de Arcera es un templo románico de finales del XII, principios del XIII, con planta y ábside rectangulares. El retablo mayor fue ejecutado hacia 1670, en fases cercanas al prechurrigueresco; la hornacina central aloja un Calvario de la segunda mitad del XVI, que acusa la influencia de Berruguete.

San Juan Bautista de Aldea de Ebro es un templo de origen románico con planta en L, fue reformada en 1835. Junto a ella se alza una espadaña exenta con un arcosolium debajo de la escalera de acceso al campanario. También aquí es de reseñar la ermita de Dondevilla de Aldea de Ebro de origen románico con una serie de canecillos historiados de interés.

San Andrés es un templo de origen medieval, en origen dedicado a San Cristóbal, cuyo aspecto actual se debe a varias reformas acometidas en el siglo XIX, entre ellas la de la capilla del Rosario.

Nuestra Señora del Rosario de Arroyal de los Carabeos es un templo de origen románico que llevaba la advocación de San Miguel hasta su reconstruccción a mediados del XVII (en uno de los claves del ábside de la capilla mayor consta el año 1640). Su retablo mayor presenta elementos estilísticos que llevan a proponer el año 1730, una cronología avanzada dentro del prechurrigueresco. La imagen titular fue comprada en 1756 en Burgos al escultor Manuel Benigno Romero.

Santa María de Valdeprado del Río, aparece documentada en 1163, no obstante su aspecto actual se debe a una serie de reformas acometidas en los siglos XVI y XVII. Su retablo mayor de Valdeprado del Río es una destacada obra romanista encargada hacia 1570, se atribuye al maestro trasmerano Juan de Sobremazas; consta dorado en 1622, siendo responsables de esta labor el burgalés Juan de Cea y el palentino Juan Sánchez Calderón. Los retablos laterales de estilo churrigueresco están fechados en 1730 y son obra del burgalés Manuel Fernández.

Otras iglesias a reseñar son: San Cristóbal del Monte, un templo de origen románico, época de la cual se conserva la puerta sur; Santa Juliana de Hormiguera con elementos que permiten datarla en el siglo XIII –el desaparecido retablo mayor que custodiaba era obra de Hernando Alonso Ortega–; San Vítores, en la localidad homónima, es una obra del siglo XVI, documentada ya en el año 1231; San Bartolomé de Matalaja, obra del siglo XVI con un retablo mayor construido en 1745 a partir del anterior de finales del XVI; y Santa Eugenia de Reocín de los Molinos, erigida en el siglo XV. Por último son de destacar la ermita de Nuestra Señora de los Remedios, la única que ha sobrevivido en Los Carabeos conserva el ábside románico, datable a finales del siglo XIII; y la ermita de Santa Ana de Valdeprado que paga en 1728 por la talla del retablo mayor.