Existe constancia documental a lo largo de las Edades Media y Moderna de la presencia de molinos maquileros en los cursos de los ríos Ebro y Polla a su paso por Valdeprado. A partir de una de estos ingenios, el molino de El Lanchón, situado en Arcera, se construyó hacia 1844 una fábrica de harinas que todavía se mantiene en pie y se extiende por una superficie de 118 m2.
El municipio está atravesado por la línea del llamado Ferrocarril de la Robla (atraviesa los municipios cántabros de Las Rozas de Valdearroyo, Valdeprado del Río y Valdeolea). La línea une Bilbao y León, salvando una distancia de 339 km. Su origen se remonta a 1890, cuando un grupo de industriales vascos constituyó la Compañía del Ferrocarril Hullero de La Robla a Valmaseda siguiendo un proyecto concebido por el ingeniero de minas Mariano Zuaznavar para enlazar todas las cuencas mineras. Se inauguró en 1894 con un recorrido de 284 km, que más tarde, en 1923, se ampliaron a 339 km con la inauguración del Ferrocarril León-Matallana. La línea servía para transportar carbón desde las cuencas mineras leonesas y palentinas hasta los centros siderúrgicos del Nervión. Después de conocer un importante tráfico de mercancías entró en una fase de abandono progresivo, pasó a ser explotado por FEVE en 1972. En 1991 se cerró parcialmente al paso de convoyes de viajeros. A lo largo de la década de los noventa se llevaron a cabo diversas actuaciones de mejora y modernización de las infraestructuras y de la línea que condujeron al restablecimiento del servicio de viajeros en la totalidad de la línea el 19 de mayo de 2003.
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