Tradicionalmente, el sector primario ha llevado el peso de la economía de este municipio. Hoy en día el 8% de la población activa residente en Pesquera se dedica exclusivamente a él. Menor es aún el porcentaje dedicado a la construcción: 4%. En lo que respecta a la industria, las fábricas o empresas de municipios próximos, como Reinosa, emplean a un 28%. No obstante, es el sector terciario el que está cobrando un papel fundamental en la vida económica del municipio, dándole un nuevo impulso y ocupando al 60% de su población activa.