El sector secundario ocupa al 42,8% de la población activa del municipio. Se calcula que cuenta con una treintena de actividades industriales, dedicadas a la manufacturación y a la construcción. Una de las empresas de mayor tradición en Molledo es Hilaturas Portolín, dirigida a la preparación e hilado de fibras de lino y sus mezclas, cuyo origen se sitúa en el año 1902. 59 trabajadores constituyen la plantilla actual, aunque en 1981 esta histórica fábrica de la cuenca del Besaya llegó a emplear a 327 personas. También las empresas de municipios próximos, como es el caso de Torrelavega, Reinosa y Los Corrales, proporcionan salida laboral a la población activa de Molledo. El 25,5% de la misma se dedica a la industria, mientras que el 17,3% trabaja en la construcción.