Numerosos son los ejemplos de edificaciones levantadas a lo largo de la Edad Moderna en Limpias. Una de las más antiguas es la casa de Rucoba del siglo XVI, que porta las armas de Helguero y Alvarado y se considera asentada sobre el solar de Rucoba. Numerosos son los ejemplos del siglo XVIII, entre ellos la Casa de Juan Cosme de Albo, levantada en 1723 por los maestros de cantería Pedro de Toca Ano y Pedro de Toca Solórzano. Estos maestros intervinieron también en la vivienda de Roque del Rivero Palacio, erigida entre 1733 y 1734, de tres alturas con una destacada labra de sillares y amplias balconadas que demuestran una excelente labor de ferrería (a comienzos del siglo XX, se le añadió una portalada con verja de hierro y una torre con un remate de almenas, una galería de arcos y un gran escudo). De Toca Solórzano, natural de Hazas de Cesto, es también artífice de las reformas acometidas en el muelle del Rivero a comienzos del siglo XVIII y también intervino en otras construcciones alzadas en la zona, de dos alturas con ático y cubierta a cuatro aguas, entre ellas la casa de Bernales Piedra y otras que siguen su estilo como la casa de Pereda o la casa de Diego de la Piedra, la lonja financiada con dinero enviado de México por el sargento José del Rivero Palacio.

También reviste interés la arquitectura decimonónica y de principios del siglo XX de Limpias. Sobresale el palacio del conde de Albox, Manuel de Eguilior y Llaguno, convertido en 2004 en Parador Nacional de Turismo. Se atribuye tanto al arquitecto cántabro Emilio de la Torriente (que dirigió las obras), como al madrileño A. Ferreras. Consta de un gran bloque cúbico con cuatro torres en las esquinas. Destacan en él la mampostería de sus muros en contraste con sus esquinales y los balcones de grandes ménsulas. El palacio está situado en medio de una gran finca conocida con el nombre de El Castañar, de 50.000 metros cuadrados, en la que se puede encontrar una gran variedad de árboles y plantas. La parcela está cerrada con una portalada historicista semejando la puerta de un castillo. Frente al palacio se alza la casa de servicio, reformada por Emilio de la Torriente en 1903 con una atractiva galería de madera acristalada adosada a una de las fachadas. Otras residencias del XIX y el cambio al XX a destacar son la casa de los Rocamora y Rabat, la Ayestarán, la casa de Ríos o una casa decimonónica adosada a la mencionada casa de Rucoba.

Especial interés revisten los tres complejos escolares de este municipio: Escuelas Públicas, Colegio San José de las Hijas de la Cruz y Colegio de San Vicente de Paúl. El Colegio de San José de las Hijas de la Cruz fue fundado en 1861 por los hermanos Juan Manuel y Felipe Lombera. Se trata de un singular bloque, carente de elementos que denoten su función pedagógica, situado en el barrio del Rivero compuesto de planta baja, tres pisos y ático abuhardillado. El Colegio de San Vicente de Paúl es un gran complejo inaugurado en 1900, célebre por haber contado con el trabajo del padre Lorenzo Sierra, pionero en las investigaciones prehistóricas en la región. De grandes dimensiones (2.400 m2 cuando empezó a funcionar) se atribuye su traza a Emilio de la Torriente, originariamente el edificio no tenía los remates escalonados del cuerpo central y laterales. Por último, las Escuelas Públicas parten de un proyecto de grupo escolar para niños y niñas de 1910 firmado por el arquitecto A. Ferreras. En 1930 De la Torriente redactó el proyecto de reforma dirigido a convertir la escuela unitaria en una escuela graduada.