Fauna. La Reserva Natural de las Marismas de Santoña, Victoria y Joyel está declarada Refugio Nacional de Aves, Zona de Importancia Internacional de Ramsar y Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA). Se trata de un punto fundamental de paso migratorio de aquellas especies que anidan en la tundra y la taiga del norte de Europa, tanto las migrantes de corto radio como las de larga migración. Asimismo, las marismas son para muchas aves una zona de invernada, llegándose a contabilizar hasta veinte mil individuos de un centenar de especies diferentes. Las marismas de Limpias constituyen un ecosistema sobresaliente ya que permite el asentamiento de una extensa relación de aves acuáticas y animales invertebrados en el estuario que, a su vez, sirven de alimento a un gran número de peces y aves.

Flora. La vegetación en las marismas está caracterizada por una densidad de chilcal, un tipo de arbusto americano, y una zona en la que se pueden encontrar especies autóctonas como el carrizal. Pueden encontrarse también apio silvestre, del que se deriva el apio cultivado. Destacan igualmente en el municipio las especies arbóreas en los parques de El Castañal y dos árboles singulares situados en Limpias: un ciprés de Monterrey, ubicado en una vivienda particular, y un excelente ejemplar de plátano.