Fauna. La fauna está caracterizada por aves rapaces, como el cernícalo y el milano, la urraca, el petirrojo, la comadreja, el jabalí y el zorro, así como también garzas reales y aves pescadoras que frecuentan el río Asón en el que existen salmones y trucha. Un pequeño tramo del Asón en su salida al norte del municipio se incluye dentro de la Zona de Especial Protección de Aves (ZEPA) de las Marismas de Santoña, Victoria, Joyel y la Ría de Ajo.Ampuero se incluye dentro de la comarca cinegética Costa Oriental y

Flora. La vegetación está caracterizada por la pradería, siendo las repoblaciones de pinares y eucaliptos las formaciones más habituales.Del arbolado autóctono cabe destacar el encinar de la Maza, el cagigal de la Bien Aparecida y las encinas y hayas en la base del monte Candiano, en la localidad de Marrón.El municipio cuenta también con un buen ejemplo de encinar cantábrico en la peña del pueblo de Solamaza que se caracteriza porque se encuentra sobre un bosque caducifolio. A la entrada de esta localidad el visitante puede encontrar unaplanta norteafricana denominada ‘sombrerera’.Además, en los arroyos del puerto de Hoyomenor existe una vegetación de alisos, avellanos, sauces y tilos entre los que se puede encontrar un tipo de helecho peloso llamado ‘stegnogramma pozoi’.La riqueza vegetal se completa con diversos árboles singulares como un pino de Panamá, en Marrón, un majestuoso roble denominado La Rebollona, junto a la iglesia de Cerbiago; una encina centenaria, situada en la plaza de San Roque; y un tejo en el palacio de Villatorre, de 33 m de perímetro.